Il Museo Lapidario Estense è il primo museo pubblico istituito a Modena. La sua fondazione si deve al duca Francesco IV d’Austria-Este, che il 31 marzo 1828 ne decretò la nascita col nome di Museo Lapidario Modenese. Esso si ispirava a illustri esempi come il Museo Lapidario Maffeiano di Verona (1738), o la Galleria Lapidaria nel Museo Chiaramonti in Vaticano (1800-1823), ma con una peculiare vocazione civica tesa a glorificare il passato illustre della città fin dalle sue origini come colonia romana di Mutina.

Il nucleo iniziale era costituto da alcuni pezzi già conservati presso il Palazzo Ducale di Modena, acquisiti dagli Este da altre collezioni antiquarie o come reperti di scavo provenienti dai territori ducali di Brescello e Novellara. Fin da subito i cittadini, a cominciare dai rappresentanti del clero e della nobiltà, si impegnarono a donare materiali di loro proprietà e a finanziare il museo, che nel giro di un paio di anni registrò un significativo ampliamento, certificato dalle due epigrafi commemorative dei suoi benefattori (del 1828 e del 1830) ancora oggi conservate. Il catalogo scientifico pubblicato nel 1830 dal suo primo direttore, Carlo Malmusi, fissava i principi ispiratori dell’istituzione: “per servire all’archeologia”, “per il ricordo degli antenati illustri” e “per studiare il progresso della scultura locale”. Oltre ai reperti di età romana, esso infatti accolse da subito memorie ed arche sepolcrali che per secoli, fino al tardo Seicento, erano state collocate sul sagrato presso il fianco meridionale del Duomo o presso altri edifici sacri di Modena e Reggio Emilia: una prassi sorta già in epoca protoumanistica, sulla scorta della vicina Bologna, in ricordo di quei cittadini che si erano distinti anzitutto nel campo del diritto e della medicina.

Dopo l’Unità d’Italia il Museo Lapidario ha acquisito nuovi spazi sotto la direzione di Arsenio Crespellani, autore di un nuovo catalogo nel 1897. L’ultimo ordinamento museografico è stato quello di Cesare Giorgi del 1938, recuperato con gli attenti lavori di restauro della fine del secolo scorso.